A estrutura de governança do SIUNIS foi desenhada a partir da revisão do Regimento Geral da UFBA, marco regulatório da Universidade, na primeira década do século XXI, que inclui criação na Administração Central os Sistemas Estruturantes como o Sistema Universitário de Saúde, indicando uma reorganização de unidades até então isoladas e sem uma coordenação efetiva, apesar da similaridade e complementariedade de suas missões.
O Sistema Universitário de Saúde da UFBA é administrado por um conselho deliberativo composto por:
- Superintendente de Saúde (Presidente);
- Dirigentes das Unidades Hospitalares;
- Diretores das Unidades Universitárias;
- Representantes dos Servidores Técnicos - Administrativos;
- Representação Estudantil.
O Superintendente de Saúde é selecionado e indicado pelo Reitor, sendo preferencialmente do quadro permanente da Universidade.
A estrutura administrativa do SIUNIS está organizada em 03 níveis hierárquicos e padroniza-se pelas nomenclaturas: Superintendência, Coordenação e Núcleo.
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Vinculados à Superintendência estão as seguintes Unidades de Saúde:
- Complexo Hospitalar e Universitário Professor Edgard Santos (COM-HUPES);
- Maternidade Climério de Oliveira (MCO);
- Instituto de Ciência da Saúde (ICS);
- Faculdade de Odontoligia da UFBA (FAOUFBA);
- Hospital de Medicina Veterinária (HOSPMEV);
- Serviço Médico Universitário Rubens Brasil (SMURB);
- e programas, projetos de extensãopermanentes e serviços de atenção e asistência à saúde vinculados às Unidades Universitárias.
Subordinadas à Superintendência, estão:
- Coordenação de Articulação Acadêmica; e
- Coordenação Administartiva, Orçamentária e Financeira.